Coloque o HD de origem como primary master e o HD de destino como primary slave. Mas lembrando que posição dos HDs não é importante, só tente manter o origem antes do destino pra você não se confundir.
Bom, agora vamos a clonagem, com o linux startado, abra o terminal/Shell de sua preferência ou até mesmo uma tty e faça isso como root
.dd if=/dev/hda of=/dev/hdb
Lembrando que esse comando o dd funciona também para copiar imagens de dvds, cds, hds e etc. Aí é só aguardar o processo que dependendo do tamanho do que você tiver clonando vai demorar ou não.
fonte da dica: http://wiki.forumdebian.com.br/index.php/Clonando_HD
